Ho fatto delle verifiche ma non ho notato problemi. Le impostazioni effettivamente usate le vedi con il comando:
xset q
in fondo, per esempio:
DPMS (Energy Star):
Standby: 1200 Suspend: 1800 Off: 2400
DPMS is Enabled
Monitor is On
Se modifico il profilo energetico di KDE in uso (di solito Performance
se non stai andando a batteria) le impostazioni mostrate da xset vengono modificate correttamente e anche riavviando ho visto che le mantiene. Quindi verifica la corrispondenza tra le impostazioni di KDE e xset, se risultano corrette forse il problema è da cercare altrove.