Da quello che immagino un solo programma alla volta che usa rpm può essere in funzione (creerebbe problemi di sincronizzazione agire sugli rpm da due fonti differenti).
Synaptic (anzi penso sia direttamente apt-get) per evitare di avere due processi aperti crea questo file /var/cache/apt/archives/lock appena viene aperto il primo processo, quindi se si prova ad aprire il secondo, se il file di lock già esiste, non si apre un secondo Synaptic (o apt-get).
Un metodo brutale che uso spesso (ma non so quanto sia corretto) è quello di fare
# rm /var/cache/apt/archives/lock
in questo modo elimino il file il prossimo apt-get si prende il lock tranquillamente.
Però devi essere sicuro che non ci siano altre istanze di apt-get (o synaptic o kpackage o qualsivoglia programma che usa rpm)