Ciao,
assumendo che il sistema fosse aggiornato e funzionante regolarmente di recente, il primo e forse unico tentativo per correggere il problema è eseguire il comando:
sudo rpm --rebuilddb
se questo non andasse a buon fine la causa potrebbe essere un evento grave quale il guasto del disco di installazione con conseguente perdita di dati ed a meno che non sia disponibile un backup bisognerà reinstallare il sistema dopo aver verificato che l’hardware in uso sia correttamente funzionante.